Proyectos de investigación
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Análisis de micorrizas en especies amenazadas y endémicas de Sierra Nevada, diversidad de hongos micorrícicos autóctonos y producción de plantas micorrizadas para reintroducirlas en su hábitat natural.
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Facilitación de las especies almohadilladas y cambio global en las comunidades alpinas del Parque Nacional de Sierra Nevada.
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Dinámica del crecimiento aéreo y radicular de Juniperus Phoenicea subsp. Turbinata en comunidades de la RBD y P.N. Punta Entinas-Sabinar.
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Comunidades vegetales y microorganismos del suelo: quién controla a quién?
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Cambios en los patrones estacionales de precipitación: efecto sobre las comunidades vegetales semiáridas.
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Cambio climático y patrones de precipitación: efecto sobre las comunidades vegetales semiáridas.
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Evaluación y mejora de técnicas de repoblación forestal en medios semiáridos.
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Ecosistemas litorales y cambio climático: consecuencias a nivel de comunidad.
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Estudio de las formaciones de sabina mora (Juniperus phoenicea subsp. turbinata) en el Paraje Natural de Punta Entinas-Sabinar (Almería).
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El estado ecológico de los ríos Mediterráneos de Influencia nival del sur Peninsular.
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Asistencia técnica para la valoración, seguimiento y protección de poblaciones faunísticas del río Castril.
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Publicaciones
Publicaciones en revistas del SCI 
Padilla, F.M., Miranda, J.D., Pugnaire, F.I. 2007. Early root growth plasticity in seedlings of three Mediterranean woody species. Plant and Soil, 296: 103-113
Miranda, J.D., Padilla, F.M., Lázaro, R., Pugnaire, F.I. 2009. Do changes in rainfall patterns affect semiarid annual plant communities? Journal of Vegetation Science, 20: 269-276.
Miranda, J.D., Padilla, F.M., Pugnaire, F.I. 2009. Response of a Mediterranean semiarid community to changing patterns of water supply. Perspectives in Plant Ecology, Evolution, and Systematics, 11: 255-266. (DOI: 10.1016/j.ppees.05.001.).
Padilla, F.M., Miranda, J.D., Jorquera, M.J., Pugnaire, F.I. 2009. Variability in amount and frequency of water supply affects root but not growth of arid shrubs. Plant Ecology, 204: 261-270 (DOI: 10.1007/s11258-009-9589-0).
Padilla, F.M., Miranda, J.D., Ortega, R., Hervás, M., Sánchez, J., Pugnaire, F.I. 2010. Does shelter enhance early seedling survival in dry environments? A test with eight Mediterranean species. Applied Vegetation Science, in press.
Miranda, J.D., Padilla, F.M., Martínez-Vilalta, J., Pugnaire, F.I. 2010. Woody species of a semiarid community are only moderately resistant to cavitation. Functional Plant Biology, 37: 828-839.
Martínez, L.B., Armas, C., Miranda, J.D., Padilla, F.M., Pugnaire, F.I. 2011. Shrubs influence arbuscular mycorrhizal fungi communities in a semiarid environment. Soil Biology & Biochemestry, 43: 682-689.
Otras publicaciones
Miranda, J.D., Pugnaire, F.I. 2009. Cambio climático y patrones de precipitación: manipulación experimental de la vegetación a largo plazo. En: Fernández, G., Estrela, M.J., Meliá, J. (eds) Predicciones de Cambio Climático y Vegetación. Universidad de Valencia, Valencia, pp.73-93.
Miranda, J.D. 2008. Cambio climático y patrones de precipitación: Efecto sobre las comunidades vegetales semiáridas. Ecosistemas, 17(3): 161-165.
Miranda, J.D., Padilla, F.M., Pugnaire, F.I. 2004. Sucesión y restauración en ambientes semiáridos. Ecosistemas, 1/04 (URL: http//www.aeet.org/ecosistemas/041/investigacion4.htm)
Miranda, J.D., Castillo Martín, A. 2003. Lagunas de Sierra Nevada: Un sin fin de historias y leyendas. Acta Granatense (Revista de la Sociedad Granatense de Historia Natural), 2(3-4): 145-152.
Comunicaciones en congresos
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Alba-Tercedor, J., Miranda, J.D., Jáimez-Cuéllar, P., Sáinz-Cantero, C.E., Sánchez-Ortega, A., Zamora-Muñoz, C. Characterization of two Mediterranean snow dependant river basins from Southern Spain. Second Symposium for European Freshwater Sciences. Toulouse 2001.
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Miranda, J.D., Jáimez-Cuéllar, P., Sáinz-Cantero, C.E., Sánchez-Ortega A., Zamora-Muñoz, C., Alba-Tercedor, J. Comunidades de macroinvertebrados acuáticos del río Castril (Provincia de Granada). XI Congreso de la Asociación Española de Limnología y III Congreso Ibérico de Limnología. Madrid 2002.
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Castillo, A., Benavente, J., Hidalgo, M.C., Miranda, J.D., Jiménez, M. Las lagunas del Parque Nacional de Sierra Nevada (Granada) como indicadores de cambio climático. Propuesta de una investigación hidrológica. Jornadas Agua y Globalización en el Mediterráneo. Granada 2003.
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Miranda, J.D. Pugnaire, F.I. Cambio climático y patrones de precipitación: efecto sobre las comunidades vegetales semiáridas. XV Aula de Ecología. Almería 2005.
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Miranda, J.D., Pugnaire, F.I. Efecto de distintos patrones de precipitación sobre las comunidades vegetales semiáridas: dos experimentos controlados. II Congreso Ibérico de Ecología. Lisboa 2006.
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Miranda, J.D., Martínez-Vilalta, J., Mencuccini, M. Efectos hidráulicos de la altura en la copa de un bosque de Pinus sylvestris. II Congreso Ibérico de Ecología. Lisboa 2006.
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Miranda, J.D., Lázaro, R., Pugnaire, F.I. Respuesta de comunidades anuales semiáridas a cambios de precipitación. I Congreso Nacional sobre Cambio Global. Getafe (Madrid) 2007.
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Padilla, F.M., Miranda, J.D., Pugnaire, F.I. Do roots etiolate in response to drought? An experimental test with very young seedlings of three Mediterranean shrub species. 92nd Annual Meeting of the Ecological Society of America. San Jose (California, USA) 2007.
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Padilla, F.M., Miranda, J.D., Pugnaire, F.I. Roots etiolation in response to drought? An experimental test with seedlings of three Mediterranean shrub species. XI International Mediterranean Ecosystems Conference (MEDECOS). Perth (Australia) 2007.
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Martínez, L., Armas, C., Miranda, J.D., Padilla, F.M., Pugnaire, F.I. Comunidades de hongos formadores de micorrizas arbusculares asociadas a diferentes plantas arbustivas en medios semiáridos. II Congreso Nacional de Biodiversidad. Blanes (Gerona) 2009.
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Miranda, J.D., Padilla, F.M., Pugnaire, F.I. Cambio climático y diversidad vegetal en ecosistemas semiáridos: Respuesta a diferentes patrones de precipitación. II Congreso Nacional de Biodiversidad. Blanes (Gerona) 2009.
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