Lo que es actualmente la Estación Experimental de Zonas Áridas comenzó como el Instituto de Aclimatación de Almería, creado en 1947 como una dependencia del Patronato Alonso Herrera del CSIC.

Inicialmente su actividad investigadora se enmarcaba en el campo de la ingeniería agrícola con un interés particular en la aclimatación de variedades de plantas a zonas con limitación hídrica.

Más tarde, durante 1950-1952, el Instituto de Aclimatación se trasladó a un nuevo edificio en la calle General Segura, donde permaneció bajo el Área de Ciencias Agrícolas del CSIC.

Como consecuencia de cambios en las líneas de investigación, el Instituto comenzó un proceso de restructuración que culminó en 1979 con su integración en el Área de Recursos Naturales.

El Instituto fue renombrado Estación Experimental de Zonas Áridas (EEZA). A partir de la década de los 70 se añadió a la misión del Instituto la gestión de varias especies de ungulados norteafricanos en peligro de extinción, actividad que se lleva a cabo en la Finca Experimental La Hoya (antes denominada Parque de Rescate de la Fauna Sahariana), una Infraestructura Científica y Tecnológica Singular del CSIC.

Desde finales de los 70 el Instituto ha experimentado varias restructuraciones, que han culminado con el traslado del mismo a su actual sede en el Campus Universitario de Almería. La nueva sede ha favorecido la consolidación de la EEZA y refleja su evolución desde los iniciales estudios descriptivos con marcado carácter agronómico, a las líneas actuales de investigación básica y aplicada sobre interacciones ecológicas, procesos evolutivos y geomorfológicos con el fin de resolver problemas de conservación y gestión del medio, en particular en zonas áridas.